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| 品牌 | TaKaRa | 供貨周期 | 現貨 |
|---|---|---|---|
| 應用領域 | 醫療衛生,生物產業 |
產品名稱：Gold Single Cell DNA-seq 試劑盒
產品貨號：R300670
| 單細胞起始的DNA測序文庫構建 |
| Gold Single Cell DNA-seq 試劑盒 |
| · 高重現性和準確性：可用于CNV、SNV和非整倍體檢測 · 在SNV和CNV檢測方面優于MDA技術 · 三小時的工作流程，手動操作時間不到30分鐘 · 均勻的高覆蓋率，低的等位基因插入率和脫扣率 |
| ■ 應用： |
| 適用于以下細胞類型的文庫制備： |
| · 癌癥研究：循環腫瘤細胞（CTC）,激光捕獲顯微切割（LCM）細胞或DNA， 以及細針抽吸（FNA）細胞； · 生殖健康研究：胚胎細胞和循環胎兒細胞； · 發育生物學：胚胎細胞，干細胞和稀有細胞； · 宏基因組學和微生物學：微生物細胞，微生物組和環境樣品。 |
| ■ 產品說明： |
| PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit |
| PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一種旨在從單細胞中生成高質量的DNA文庫，以便在Illumina平臺進行測序的試劑盒。該試劑盒基于PicoPLEX技術，優化用于檢測拷貝數變異 (CNVs)、單核苷酸變異 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和結構變異 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV檢測中表現出比MDA技術更好的性能。 PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的 Index如下所述，需要單獨購買。 PicoPLEX WGA是一種在被廣泛用于檢測單細胞中CNV的全基因組擴增（WGA）技術。初，PicoPLEX技術主要用于高再現性的檢測非整倍體異倍性和CNV。為了滿足準確檢測SNV的需求，對PicoPLEX WGA技術中的酶、引物和protocols進行了進一步優化，不僅提升了擴增的覆蓋度、一致性、準確性，同時提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率，并且保持了高重現性。 PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定細胞或非固定細胞起始，只需簡單的4步操作流程，即可在3小時內完成Illumina NGS文庫的構建，且手動操作時間非常短。 |
| DNA HT dual index kits |
| DNA HT dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列對應的index引物，多可提供384種不同的雙端index，用于樣本混合測序時的區分。其中index引物預先分裝在4個的不同條形碼標記的index微孔板中，每個微孔板可提供不同的96種index組合 (Code No.R400660-R400663)，index微孔板（96N Sets A-D）的每個孔提供的量足夠進行一次測序反應；另一種是一套中有24個單獨的反應管，每個反應管中包含不同的雙端index組合（Code No.R400664），且每個反應管（24N）提供的量足夠進行兩次測序反應。 |
| DNA unique dual index kits |
| DNA unique dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含“IDT for Illumina UD”對應的index引物，多可提供96種不同雙端index，用于樣本混合測序時的區分。index引物預先分裝在不同的4組各24個單獨的管中，其中每組可提供24種不同index引物組合（Code No.R400665-R400668）。每個index引物管（24U Sets A-D）提供的量足夠進行兩次測序反應。 |
| DNA single index kits |
| DNA single index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對應的index引物，可提供24種單端index，用于樣本混合測序時的區分。index引物預先分裝在不同的2組各12個單獨的管中，其中每組可提供12種不同index引物組合（Code No.R400695和R400697）。每個index引物管（12U Sets A-B）提供的量足夠進行8次測序反應。 |
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| 圖1. PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技術。 PicoPLEX Gold的技術概要。通過step1裂解細胞獲得gDNA，通過隨機引物進行預擴增 (step 2)，然后進行指數擴增得到測序文庫（step 4）。 |
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| 圖2. PicoPLEX Gold的主要特點：高覆蓋度，高均勻性，和高重現性 (與A產品技術相比)。 Panel A. 圖中顯示在不同深度的測序中覆蓋的堿基數 (～35M read pairs，PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在較低深度的覆蓋度與A產品 (MDA) 相似，在較高深度的覆蓋度高于A產品（MDA）。 Panel B. 以gDNA樣本 (NA12878) 和單細胞樣本 (GM12878) 起始，使用PicoPLEX Gold和A產品進行全基因組擴增。相比較于MDA，PicoPLEX Gold顯示出更均勻的覆蓋度。 Panel C. 評估覆蓋度的重現性。與A產品 (右) 相比，PicoPLEX Gold (左) 的在兩個單細胞群之間的一致性明顯更好。 |
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| 圖3. 使用PicoPLEX Gold進行高質量單核苷酸變異（SNV）檢測。 Panel A. 以單細胞（1c），5個細胞（5c）或15 pg的 NA12878 gDNA起始，比較A產品（MDA），PicoPLEX Gold（PP Gold）和 PicoPLEX WGA（PP WGA）這3個試劑盒之間的SNV檢測率。其中1個和5個細胞的測序深度為35M read pairs， gDNA樣品深度為40M read pairs。PicoPLEX Gold（藍色）有高的保真度和覆蓋度，與A產品（灰色）和PicoPLEX WGA（紫色）相比，可以高質量的檢測更多的SNV（2-9倍），具有明顯的優勢。 Panel B. PicoPLEX Gold（藍色）的B等位基因頻率的對稱分布，以0.5為中心，展示兩個等位基因的平衡情況。與A產品（MDA）相比，PicoPLEX具有更好的等位基因平衡（灰色）。 Panel C. PicoPLEX Gold的無偏擴增, 在測試的所有單細胞文庫制備的技術中，表現出低的等位基因脫扣率（假陰性）。 Panel D. PicoPLEX Gold試劑盒中的聚合酶具有高保真度（藍色），使得等位基因插入率與A產品（灰色）相當，且顯著低于PicoPLEX WGA（紫色）。 |
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